Das Phyletische Museum widmet sich vor allem der Stammesgeschichte (Phylogenese) – dieser Begriff wurde von seinem Gründer Ernst Haeckel geprägt. Am 30.7.1908 übergab Haeckel das Gebäude der Universität Jena. Heute ist das Museum Teil des Institutes für Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie. Das Haus widmet sich den klassischen Bereichen eines naturkundlichen Forschungsmuseums: Sammeln - Forschen - Ausstellen. In der Ausstellung wird das gesamte Tierreich gezeigt, vom Badeschwamm über Ohrenqualle und Hummer bis zu Tiger und Kasuar. Daneben gibt es die Themensäle 'Evolution' und 'Menschwerdung' sowie laufende aktuelle Sonderausstellungen. Die Forschungs-Schwerpunkte liegen zur Zeit in der Stammesgeschichte und Biodiversität von Insekten.

Die Sammlungen umfassen zur Zeit mindestens 500.000 Stücke und Serien, darunter zahlreiche Insekten und Belege von regional seltenen und ausgestorbenen Tierarten, sowie Fossilien, eine Nasssammlung und umfangreiche Vogel- und Säugetierbestände. Die Geschichte der Sammlung geht bis in das 17. Jahrhundert zurück; im 18. Jahrhundert war Goethe (1749–1832) Leiter der anatomisch-zoologischen Sammlung in Jena. Wir zeigen beispielsweise den von ihm untersuchten Auerochsen aus dem Haßlebener Moor, der von Bojanus als Bos primigenius beschrieben wurde. Das Museum hat jährlich rund 17.000 Besucher.

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